僕自身が試していないないですが、
FlashなどをJSなどでポップアップ表示した時にただしく、背面に持ってきたいとき、
Flashのobjectタグのparamのwmode="transparent"とするとうまくいくようです。
他にも方法があるようですが、
一応参考サイトをメモします。。（参考サイトに感謝！）
Flashを背面にもってくる方法
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日別アーカイブ: 2010年3月17日
Ubuntu Remix にcompiz fusionいれてみた
TOSHIBAのネットブック、、、え～とNB100に、
OS：ubuntu 9.10 Remix をいれて以外に快適に使えたので、
ウィンドウや切り替えのエアロなどできないかと、「compiz fusion」というのをいれてみた、
以外にウィンドウバーをつかむをウィンドウがぐいぐい動くのでこれはこれで楽しかった。
また、定番の画面切り替え「windows+Tab」ボタンで画面きりかえよくなり、
また、Mac風の開いているウィンドウをまとめて表示する「Shift+Alt+↑」もうごき、
普通につかっててもこれが原因で重いという感じではなかったので結構ネットブックでもおすすめです。