僕自身が試していないないですが、

FlashなどをJSなどでポップアップ表示した時にただしく、背面に持ってきたいとき、

Flashのobjectタグのparamのwmode="transparent"とするとうまくいくようです。

他にも方法があるようですが、

一応参考サイトをメモします。。（参考サイトに感謝！）

http://448.jp/blog/article/798/

http://blog.cgfm.jp/garyu/appendix/flash_html/p2-3.html